Если изменений много, то рекомендую обновлять группами объектов (справочники, документы и т.д.), периодически сохраняясь. Но нужно учитывать их зависимости. Например, в первую очередь обновляются Константы и Перечисления, т.к. они могут использоваться в документах и прочих объектах. Журналы документов нужно обновлять после того как сохранены все изменения в документах.
Итак, мы имеем список измененных объектов конфигурации. Приступим к обновлению.
