Если вы ничего не вводиле после первого переноса, то повторный перенос возможен и не вызовет каких-либо проблем.

Если вводились документы, то желательно их удалить, т.к. начисления удвоятся. Их можно будет удалить и после повторного переноса.

Но если в существующие данные были внесены изменения, то возможны проблемы. Например, я однажды сталкнулся с тем, что после первого переноса, в ЗУП поменяли номера трудовых договоров. При повторном переносе сотрудники задвоились, причем половина документов привязалось к одному, половина - к другому сотруднику. Пришлось выискивать таких сотрудников и объединять (долгая и кропотливая работа).