Никогда не сталкивался с подобным. Обычно кадровые данные замечательно переносятся. Возможно у вас ЗиК не типовая, либо вы используете старые обработки переноса, попробуйте обновиться до последних релизов ЗиК и ЗУП. Проверьте корректность данных в ЗиК.

Что касается привязки к физлицу - это нормально, в ЗУП большенство данных привязывается именно к физлицу, а не к сотруднику.