Можно выдернуть из ЗУП внешнюю обработку, при помощи которой выгрузаются данные из ЗиК, в ней можно более свободно регулировать период выгрузки, а также выгружать часть данных, например, только кадровые данные. Но я бы не рекомендовал этого делать, т.к. все данные взаимосвязанны. Еси вам нужен только конкретный справочник, то лучше написать собственную обработку, которая его выгрузит. Мне часто приходилось довыгружать какие-то данные, не перенесенные стандартной выгрузкой, особенно из не типовых (доработанных) конфигураций ЗиК.