При переносе данных не обрабатываются сотрудники, которые уволены до даты начала переноса. К сожалению штатный механизм переноса  не анализирует не закрытое сальдо по таким сотрудника.

Желательно исправить это сальдо. Сделать это можно либо документом "Перенос данных", либо "Корректировка записей регистров накопления", предварительно создав нужных физлиц. Движения должны быть по регистрам "Взаиморасчеты с сотрудниками организаций" и Зарплата за месяц организаций".