Не до конца понял в чем проблема. Трудно судить о проблеме не видя фактических данных.

Приказы, перенесенные из ЗиК, не делают никакие движения, все их движения по регистрам переносятся документами "Перенос данных".

Нужно смотреть регистры, сверять количество дней и периоды с фактическими данными. Попробуйте сформировать справку по отпуску, возможно данные в ней наполкнут вас на мысль.

Также стоит обратить внимание на то, как у вас настроено уменьшение количества положенных дней отпуска: расчетными или кадровыми документами.