Вариантов, как минимум, три:

1. Выяснить почему данные не перенеслись (скорее всего ошибки в ЗиК), устранить причину и перенести заново.
2. Сделать сальдо, например, на первое августа 2006 года равным сальдо в ЗиК.
3. Написать собственную обработку, либо исправить стандартную, и довыгрузить недостающие месяцы.

Рекомендую также подумать, а нужны ли данные столь давних периодов в ЗУП. В любом случае придется регулярно смотреть что-то в ЗиК. На мой взгляд, трех лет более чем достаточно или даже одного года (для расчета среднего).