Если не меняли данные справочников и регистров, то можете смело запускать загрузку еще раз.

Если создавались какие-нибудь документы, то, возможно, после повторной загрузки придется их удалить. Вы это увидите в отчетах - будут лишние суммы и пр.

Проблемы могут возникнуть, например, если поменяли номер трудового договора сотрудника, тогда, после повторной загрузки, он может задвоиться.

В общем, повторная загрузка возможна, но обязательно делайте резервную копию базы!