Вариантов несколько.

В первую очередь проверьте, заполнен ли производственный календарь и графики сотрудников.

Во-вторых, проверьте, чтобы у основного начисления сотрудника вид времени был «Начисление за работу полную смену в пределах нормы времени» и вид времени по классификатору - «Явка».

Также советую почитать здесь, возможно этот материал натолкнет на мысли: http://mikuslas.ru/average_earnings_zik-zup