В таких случаях я оставляю, все же, одну настройку обмена. Последовательно выгружаю части номенклатуры (по отбору, небольшими группами). После того, как все выгружено, оставляю выгрузку только измененных объектов.

Можно, конечно, сделать и вашим способом, но он, на мой взгляд, сложнее. И скорее всего вам не обойтись без установки дополнения для 1С (насколько я помню, в стандартном обмене нельзя указать идентификатор каталога): http://1c.1c-bitrix.ru/ecommerce/v2.php