в настройках обмена на стороне 1С можно создать/добавить несколько одинаковых каталогов (с одинаковым ID) с разными списками групп, в которых будут соотнесены соответствующие группы товаров. Тогда все ваши раздела автоматически появятся в одном динамическом меню.