1. У меня была пара случаев, когда не перенеслось пособие по уходу. Особо разбираться в причинах не стал, создал новый документ «Перенос данных» и с помощью него сделал необходимые движения в регистрах «Состояния сотрудников организаций», «Сотрудники освободившие ставки в организациях», «Расчет среднего заработка», «Плановые начисления работников организации».

2. Обычно не переносятся документы «Возврат НДФЛ». Эти суммы вылазят при выплате зарплаты, в подробных расчетных листках появляются в «в том числе излишне удержаный налог». Для исправления ситуации, чаще всего достаточно ввести вручную документ «Возврат НДФЛ» в ЗУП. Я дозагружал самописными обработками.

3. На данный момент знаю только один способ: ставим галку «продолжение больничного», но первоначальный документ не выбираем (его и нет), на закладке «Оплата» удаляем строку с тремя днями за счет работодателя, а эту сумму прибавляем к общей сумме оплаты больничного.