Для переноса уволенных в архив можно воспользоваться соответствующей обработкой, на которую есть ссылка в начале данной статьи.

С сотрудниками, которые в ЗУП должны иметь статус "уволен", но почему-то остались штатными нужно разбираться отдельно. Я с таким еще не сталкивался и вряд ли смогу помочь не имея баз ЗиК и ЗУП в которых это произошло.